Во время Второй мировой войны немецкие оккупационные власти превратили синагогу в склад. Синагога сгорела во время бомбардировки Таллинна 9 марта 1944 года советской авиацией. Руины здания были полностью снесены в 1947 году.
Как отметил один из активистов ХАБАДа, который регулярно посещают Украину, в этой стране уважают еврейские традиции и религиозных евреев, а также содержат в порядке места захоронений еврейских праведников (прежде всего, в Умани).